Как поменять одну «букву» в геноме и не сломать всё остальное? Объясняем на примере прорыва в St. Jude.
NewsMakerНК сворачивают в кольца, «раскрывают» только измененные фрагменты и читают именно их.
Представьте, что вы редактируете текст в книге, но каждый раз боитесь случайно поменять букву не в том слове. С геномом та же история: даже самые точные CRISPR-инструменты нужно проверять на «внецелевые» изменения ДНК, потому что именно они могут стать главным риском для безопасности. В Детской исследовательской больнице St. Jude заявили, что придумали способ делать такую проверку быстрее, дешевле и без догадок, и уже применили его в клинической работе.
Команда St. Jude представила метод CHANGE-seq-BE (Circularization for High-throughput Analysis of Nuclease Genome-wide Effects by Sequencing Base Editors) для оценки так называемых «базовых редакторов» генома. В отличие от классического CRISPR-Cas9 , который разрезает ДНК, базовые редакторы работают тоньше: они находят нужное место и меняют одну «букву» ДНК на другую, аденин или цитозин. Такой подход выглядит безопаснее, но всё равно требует строгой проверки, где именно редактор мог сработать случайно.
По словам руководителя работы Шендара Цая (Shengdar Tsai), CHANGE-seq-BE помогает увидеть «глобальную картину» активности базовых редакторов и подобрать сочетания «редактор плюс цель», которые одновременно хорошо работают и почти не дают побочных эффектов. Статью с описанием метода опубликовали в Nature Biotechnology.
В публикации есть и практический пример: метод использовали, чтобы поддержать экстренное обращение в Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA) по терапии для пациента с редким наследственным иммунодефицитом, CD40L-дефицитной X-сцепленной формой синдрома гипер-IgM (X-HIGM). Авторы сообщают, что CHANGE-seq-BE подтвердил 95,4% «попаданий в цель» у применённого базового редактора и не выявил значимой внецелевой активности , то есть дал важные данные по безопасности для ускорения лечения.
Представьте, что вы редактируете текст в книге, но каждый раз боитесь случайно поменять букву не в том слове. С геномом та же история: даже самые точные CRISPR-инструменты нужно проверять на «внецелевые» изменения ДНК, потому что именно они могут стать главным риском для безопасности. В Детской исследовательской больнице St. Jude заявили, что придумали способ делать такую проверку быстрее, дешевле и без догадок, и уже применили его в клинической работе.
Команда St. Jude представила метод CHANGE-seq-BE (Circularization for High-throughput Analysis of Nuclease Genome-wide Effects by Sequencing Base Editors) для оценки так называемых «базовых редакторов» генома. В отличие от классического CRISPR-Cas9 , который разрезает ДНК, базовые редакторы работают тоньше: они находят нужное место и меняют одну «букву» ДНК на другую, аденин или цитозин. Такой подход выглядит безопаснее, но всё равно требует строгой проверки, где именно редактор мог сработать случайно.
По словам руководителя работы Шендара Цая (Shengdar Tsai), CHANGE-seq-BE помогает увидеть «глобальную картину» активности базовых редакторов и подобрать сочетания «редактор плюс цель», которые одновременно хорошо работают и почти не дают побочных эффектов. Статью с описанием метода опубликовали в Nature Biotechnology.
В публикации есть и практический пример: метод использовали, чтобы поддержать экстренное обращение в Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA) по терапии для пациента с редким наследственным иммунодефицитом, CD40L-дефицитной X-сцепленной формой синдрома гипер-IgM (X-HIGM). Авторы сообщают, что CHANGE-seq-BE подтвердил 95,4% «попаданий в цель» у применённого базового редактора и не выявил значимой внецелевой активности , то есть дал важные данные по безопасности для ускорения лечения.